はじめまして。
21年秋期に応用情報に合格しまして、
次の秋に本試験に挑戦しようと思っているものです。

過去問を見たところ応用情報と全く異なる形の問題(午後1、午後2)に驚きました。

おすすめの参考書や勉強方法を教えていただけたら
幸いです！
よろしくお願いします！

三好先生の情報処理教科書 プロジェクトマネージャがおすすめです。
次の点が良いと思いました。

論文を含め過去問の解説をPDFでダウンロードできる。

午後Ⅰ
重要な出題（問題文や回答の暗記）に値するものをランク付けしている
IPAの回答に至る過程をしっかり解説している。

午後Ⅱに直結しそうな(論文のネタ）出題を対応付けている。
（午後Ⅰ年度問と午後Ⅱの年度問を対応付けている）

午後Ⅱ
重要な出題に値するものをランク付けしている
itecの合格論文シリーズと比較して知識に特化していない（これは賛否両論があります)

本書でも記載されていますが、午後Ⅱから手を付けるのが良いと思います。
ただ、本書のように進められるかは、受験者の知識量にもより変わるので、
午後Ⅰ問題文を教科書替わりに読み進めるのもありかと思います。

システムアーキテクトも無事に合格しました！
過去問道場さんには感謝してもしきれません！！